Rautatiet ovat puolustusvoimille tärkeä kuljetusväline. Erityisesti sotien aika asetti rautateille suuria haasteita. Varsinkin talvisodan alussa ja jatkosodan lopussa rautatiet joutuivat samaan aikaan huolehtimaan joukkojen keskityskuljetuksista ja väestön ja materiaalin evakuoinnista samanaikaisesti, kun vihollinen pyrki aktiivisesti tuhoamaan rataverkkoa.

Puolustusvoimat ja rautatiehallinto ovat panostaneet voimakkaasti myös kriisisuunnitteluun ja kriisikoulutukseen. Yhteistoiminnasta siviili- ja sotilasviranomaisten välillä vastasi Rautatiehallitukseen vuonna 1923 perustettu sotilastoimisto. Vastaava elin oli ollut jo autonomian aikana vuodesta 1904 alkaen. Se vastasi myös rauhan ajan sotilaskuljetuksista sekä sodan ajan suunnittelusta.

Sotilastoimiston päällikkönä toimi Puolustusvoimien yhteysupseerin virkaan määräämä majurin tai everstiluutnantin arvoinen upseeri. 1980-luvun puolivälissä sotilastoimisto lakkautettiin ja sen tilalle perustettiin turvallisuus- ja valmiustoimisto. Toimisto jatkoi siviilijohtoisena yksikkönä joitakin vuosia, hoitaen pitkälle samanlaisia tehtäviä kuin entinen sotilastoimisto.

Rautateiden sotilaskuljetuksia varten oli olemassa poikkeusoloja varten reservistä varatut asevelvolliset ns. liikenneryhmät. Niitä oli suunniteltu ainakin suurimmille liikennepaikoille. Ryhmiä johti rautatieupseeri ja niihin pyrittiin sijoittamaan rautatiehenkilöstöä.

Vuonna 1935 aloitettu Valtionrautateiden virkamiesten (reservin upseerien) sotilaskoulutus tähtäisi juuri siihen, että tarvittaessa junakuljetuksia ohjaisivat ne henkilöt, jotka tekivät sitä työkseen. Ensimmäiset noin 70 rautatieupseeria määrättiin tehtäviinsä 10.10.1939 eli keskityskuljetusten aattopäivänä.

Taistelukoulu järjesti 1970-80 – luvuilla melko säännöllisesti rautatieupseereiden muutaman päivän mittaisia kertausharjoituksia. Koulutus sisälsi perustietoa puolustusvoimista ja niiden organisaatioista, valmiuden kohottamisesta ja liikennejärjestelyistä sekä kuljetuksista poikkeusoloissa. Harjoitukseen osallistuneille pyrittiin järjestämään mahdollisuus osallistua käytännössä pataljoonan kuormaamiseen juniin, joko Taistelukoulun johtamissa harjoituksissa tai muissa vastaavissa, kuten ampumaleireihin liittyvissä kuljetuksissa.